청국장을 띄울 때는 삶은 콩에 볏짚을 찔러두는 것을 볼 수 있다. 볏짚에는 고초균이라고 하는 균들이 많이 있고 이들이 콩을 발효시켜 청국장을 만드는 것이다. 청국장의 균은 변종이 많으며, 청국장마다 맛과 향이 다른 것은 이들 균의 종류가 달라지기 때문이다.

     일본에서는 보다 강력하고 효과가 좋은 균을 분리하여 특허등록을 해서 고유의 브랜드를 유지해나가고 있다. 낫토라고 부르는 일본 청국장도 하나의 균을 가지고 만든 것이다. 냄새도 없고 영양가도 높은 청국장을 만들기 위해 우리나라도 좋은 균을 분리하여 고유의 브랜드를 찾는 것이 중요하다.

    맛과 향이 좋은 청국장을 만들기 위한 균을 분리하는 방법 중의 하나는 청국장을 배양하여 여기서 자라는 균들을 이용하는 것이다. 그러나 이러한 방법은 장시간의 배양이 필요하기 때문에 동시에 많은 균을 분리해 내는데 장애요인이 될 수 있다.

    이러한 단점을 보완하기 위하여 농촌진흥청 생물안전성과에서는 미생물의 배양 기간을 거치지 않고 토양으로부터 미생물의 핵산을 추출하여 토양에 존재하는 미생물 군집의 다양성을 동시에 분석할 수 있는 방법을 확립하였다. 이를 청국장 균을 분리하는데 적용할 수 있다면, 빠른 시간 내에 좋은 균의 씨앗을 찾아낼 수 있을 것이다.