2009년도인 작년 동안 18억달러(740만톤)의 유전자변형 농작물(GMO)이 수입되어 식용유와 전분 같은 식품의 원재료나 사료로 사용되었다. 콩기름으로 불리는 식용유는 물론 전분과 전분당으로 만들어진 면류와 과자류까지 오래전부터 알게 모르게 GMO가 우리 식생활의 일부로 자리 잡게 된 것이다.

GMO 안전성 문제와 관련된 우려 중 하나는 GMO 개발에 사용된 항생제저항성 유전자와 관련된 것으로 GMO 식품 섭취가 인체 항생제 내성에 영향을 줄 수 있다는 것이다. GMO 개발단계에서 선발표지라고 불리는 항생제저항성 유전자는 외부의 유전자가 도입된 식물개체를 선택적으로 선발할 수 있도록 한다.  

GMO식품의 섭취가 항생제 내성을 증가시킬 수 있다는 가정은, GMO 농작물에 존재하고 있는 항생제 저항성 유전자가 인체 세포나 장내 미생물에 전이되어 기능적으로 작용을 할 수 있어야 가능하다. 그러나 통계적으로 GMO에 있는 유전자변형 유전자의 함량은 전체 DNA의 25만분의 1에 불과하여, 하루에 먹는 식품의 절반이 GMO라고 가정해도 유전자변형 DNA 섭취량은 0.5-5 ug이라고 보고되었다. 또한, DNA는 화학적으로 생물 종에 관계없이 동일하여 산업적 가공처리 과정과 소화관에서 대부분 분해되어 섭취된 DNA가 인체 세포나 장내 미생물로 이동할 가능성은 매우 희박하다.

DNA 섭취가 인체 내 세포에 미치는 영향에 대한 연구로는 생쥐(mice)를 이용한 동물실험에서 과대량(50ug)의 바이러스 유전자를 섭취시켰을 때, DNA 조각이 0.1%의 백혈구 세포와 비장, 간세포에 최대 24시간까지 남아 검출되었다는 보고가 있다. 그러나 영국식품기준청과 같은 다른 여러 기관에서 수행된 GMO 식품의 안전성에 대한 결과는, GMO 식품의 유전자는 인체 내 대장과 소장에서 완전히 분해되어 인체세포나 장내 미생물로 전이될 가능성이 희박하다고 보고하였다.

항생제 내성과 관련된 GMO 안전성 논란을 제거할 수 있는 제일 좋은 방법은 GMO에 선발표지 유전자를 사용하지 않거나 기술적으로 제거하는 방법이다. 농촌진흥청에서는 항생제 선발표지를 사용하여 GMO 작물을 개발한 후 선발표지 유전자만을 특이적으로 제거할 수 있는 방법을 개발하고 있다. 선발표지 유전자가 제거된 GMO 개발은 GMO 안전성 논란과 소비자의 불안을 일부분 덜어줄 수 있을 것이다.